一、南澳澤蟹生物學之研究（2013～2015年）

1. 樣本採集：以南澳南溪支流無名溪的金洋2號橋上游防砂壩下之淺礫石灘及河岸礫石灘為固定採樣點，每月1次利用徒手採集方式進行採樣，隨機採集至少50隻南澳澤蟹樣本，活體標本量測處理完畢後原地釋回。

2. 樣本紀錄：性別、個體數、外部形質（甲長、甲寬、體重、螯腳掌部高度、腹部寬度）抱卵（子）狀況、卵徑、性比及肥滿度指數等。



二、南澳澤蟹及太魯閣澤蟹分子親緣關係研究（2016～2019年）

1. 樣本採集：於蘇花改沿線工程影響水域範圍內9條溪流，由北往南分別為蘇澳溪、圳頭坑溪、東澳北溪、東澳南溪、南澳北溪、南澳南溪、和平溪、大清水溪及大富溪，並往施工影響水域範圍外的南北兩端，分別由北端（蘇澳端）向北擴大加入新寮溪及蘭陽溪部分支流，南端（花蓮端）往南擴大加入小清水溪、立霧溪、三棧溪及木瓜溪流域。全年完成至少一輪淡水蟹採樣，每次同一地點樣本至少徒手採獲5隻淡水蟹，現場拍攝物種及棲地生態照片，樣本攜回研究室。

2. 樣本紀錄：性別、個體數、外部形質（甲長、甲寬、體重、螯腳掌部高度、腹部寬度）抱卵(子)狀況、卵徑、性比及肥滿度指數等。

3. 樣本處理：利用前述採集的樣本進行分子親緣關係分析研究，同一樣點至少取3隻個體進行DNA分析。



三、南澳澤蟹複合群普查、溪流多樣性調查（2012、2020～2022年）

1. 採集樣點：2012年在台9線蘇花公路施工路段選定A段之圳頭溪、東澳北溪、東澳南溪及蘇澳溪；B段之南澳北溪、南澳南溪、南澳溪及澳花溪；C段之清水溪及良里溪，總共10條溪流進行調查。其中蘇澳溪及圳頭溪因調查期間枯竭無法調查，因此進行8條溪流21個樣點（A段7個、B段10個、C段4個），3季次採樣調查。2021～2022年根據過去2012～2020年南澳澤蟹複合群出沒熱點進行樣點選擇及監測採集，主要在B、C段進行監測。由北向南B段在沿線南澳北溪、南澳南溪、觀音溪第二觀音橋、澳花溪進行採集；C段則在大清水溪及小清水溪，共6條溪流7個樣點進行南澳澤蟹複合群的族群監測。

2. 樣本採集方式：每個樣點以蝦籠誘捕法另輔以徒手採集法進行採樣。每季採樣1次。紀錄物種、性別、個體數、甲長、甲寬、體重及抱卵（子）狀況，澤蟹量測完隨即原地釋放。

3. 樣本處理：計算其每年、每季之雌雄性比變化。另以歧異度指數和均勻度指數計算分析各樣點魚蝦蟹物種之生物多樣性指數變化。