依施工期程及區域分為3個施工段，分別為A段（蘇澳～東澳）：包含蘇澳溪、圳頭坑溪、東澳北溪及東澳南溪等9個樣點、B段（南澳～和平）：包含南澳北溪、南澳南溪及和平溪等7個樣點、C段（和中～大清水）：包含良里溪及清水溪等4個樣點。



以季節做區分，每季進行1次，第1季為冬季（前1年12月～當年2月），第2季為春季（3～5月），第3季為夏季（6～8月），第4季為秋季（9～11月）。



以陷阱誘捕洄游性蝦、蟹類，於每次調查之固定樣點設置6個大小相同的蝦籠，其中3個置入誘餌，另3個不放誘餌，籠具以石塊壓牢，開口朝下游，於傍晚放置，隔夜至昱日回收。另視需要輔以前述陷阱法，如遇特殊棲地（如淺灘、礫石地），必要時則於各樣區長、寬20m範圍內輔以徒手採集法進行洄游蝦、蟹類採集。所捕獲物種分別記錄種類、性別、甲寬、甲長、體重、個體數、抱卵（子）狀況，並拍攝物種及棲地生態照片、影片。所得樣本除需要攜回進一步研究的個體外，其餘均原地釋回，儘量降低對當地生物群聚之衝擊與干擾。