依施工期程及區域分為3個施工段，分別為A段（蘇澳～東澳）：包含蘇澳溪、圳頭坑溪、東澳北溪及東澳南溪等9個樣點、B段（南澳～和平）：包含南澳北溪、南澳南溪及和平溪等7個樣點、C段（和中～大清水）：包含良里溪及清水溪等4個樣點。



以季節做區分，每季進行1次，第1季為冬季（前1年12月～當年2月），第2季為春季（3～5月），第3季為夏季（6～8月），第4季為秋季（9～11月）。



主要以電氣法與陷阱法採集，在特殊棲地則輔以其他漁法。



1. 電氣法：依規定向行政院農業委員會漁業署申請取得電氣捕魚核可後，使用110V交流電電源供應器（I/O,12V-7AH/1,000W-110V），視現場環境與試驗研究需求以背負式電魚器或矩形電格採集魚類。背負式電魚器操作方式由1人背負電魚器，在選定的50m長河段樣點內手持電極由下游往上游循Z字形路線以間歇性放電方式採集，另兩人跟隨後方以手撈網撈起被電昏之魚隻。電捕後立即進行種類鑑定與數量計算，並記錄採集地點、時間、體全長（Total Length；TL，至cm）、體重（Body Weight；BW，至g）、水文及水質等相關資料。在資料記錄完畢後，除少數必要之標本以75%酒精保存攜回外，其餘皆隨即釋回原採樣水域，儘量降低對當地生物群聚之衝擊與干擾。



2. 陷阱法：利用洄游性魚類沿濱溪帶上溯的特性，在岸邊依地形設下橫斷障礙物阻斷其部分洄游路徑，強迫魚類循既定之誘引水道進入所設陷阱中加以捕獲。



3. 其他漁法：如遇深水域（水深超過100m）則以手拋網、潛水及釣魚法補充採集，並儘可能於野外鑑定種類、計算數量、測量體全長及體重。另若在採集時遇到釣客，則進行訪問調查，以補充定性資料。