調查期程為2012年3月至2022年11月止（鳥類則為2012年9月至2021年11月止），調查範圍為台9線蘇花公路山區路段改善計畫施工範圍，包括蘇澳～東澳（A段）、南澳～和平（B段）、和中～大清水（C段）等三個工程段，在執行可行性及設置比較樣區的實質意義考量下，規劃以施工干擾區（施工樣區）與比較樣區，因蘇花改為線型開發案（道路開發案），依行政院環境保護署2011年7月修正之「動物生態評估技術規範」調查範圍規定，故本計畫在工程圍籬外150-500m間劃設合適地點為施工樣區，另在工程圍籬外500至1,000m間劃設比較樣區進行監測比較。



於蘇花改施工路段範圍共設立了13組兩棲類調查樣區（每組包含施工樣區及比較樣區各1個）。施工樣區之設置主要選擇於計畫沿線路段隧道口、高架橋或路堤施工圍籬外500m內；而比較樣區則選擇施工圍籬外500m至1km內。上述每個樣區每季各進行2次日間及夜間的調查（每次調查日期至少間隔1.5個月；採用沿線調查法之鳴叫計數法與目視遇測法，於夜間進行兩棲類指標物種之調查（包含成蛙及蝌蚪），日間則以目視、翻尋石塊、倒木及記錄因路死效應導致之兩棲類死亡個體。